יעקב ניחן באישיות נעימה ומחייכת, אהבתו ומסירותו לתלמידיו הייתה יוצאת דופן ובמשך שנים רבות יעקב היה פעיל בהתנדבות בוועדת חינוך של היישוב ובני הנוער ראו בו כתובת ומצאו אצלו  תמיד אוזן קשבת.

ביום חמישי בערב, אור לח' בכסלו תשע"ו (19.11.2015), הגיע מחבל לכביש סמוך לצומת גוש עציון ופתח באש לעבר כלי רכב שהמתינו בפקק תנועה במקום. בפיגוע נרצחו שניים – יעקב דון שהיה במכוניתו ועזרא שוורץ, תלמיד ישיבה מבוסטון, שישב במיניבוס. יעקב היה במקום בדרכו לערב לימוד תורה בחברת שני בניו הבוגרים, כפי שהקפיד לעשות מדי שבוע מאז שהם הצטרפו לישיבת הסדר.

יעקב היה בן 49 במותו. הוא הובא למנוחות בבית העלמין בכפר עציון. הותיר אישה, שלושה בנים ובת, הורים, אח ואחות.

"יעקב, היקר באדם, הטוב באדם, הישר באדם", ספד אחיו רמי. "יעקב היה איש של שמחת חיים, שאהב את משפחתו אהבת נפש והיה דוגמה ומופת לכיבוד הורים עד יומו האחרון . יעקב ראה את ייעודו בחינוך בני נוער ובכך השקיע את מלוא מרצו, זמנו, כוחותיו ואהבתו. אהבת האדם, אהבת הארץ ואהבת התורה היו נר לרגליו. יעקב, עם חיוכו הרחב וליבו הענק, הצליח לגעת בנפשם של תלמידיו ואישיותו החמה הייתה צרובה בנשמתם גם שנים לאחר שבגרו. רבים מהם שגדשו את הבית בימי הניחומים ציינו כיצד באהבה, במסירות ובסבלנות אין קץ הצליח להגיע אל ליבם ולכוון אותם בחייהם . אחד התלמידים סיפר ש'זה לא היה מורה, זה היה האדם שהציל את נשמתי'."